那就是說(shuō)，分公司員工開(kāi)了總公司抬頭的發(fā)票，就在總公司走費(fèi)用報(bào)銷(xiāo)。不用考慮獨(dú)立核算，也不用考慮與勞動(dòng)合同是否一致，與工資個(gè)稅等支付是否是同一個(gè)銀行賬戶的問(wèn)題么？如果之前已經(jīng)通過(guò)分公司賬戶支付了員工的費(fèi)用報(bào)銷(xiāo)，這些總公司抬頭的發(fā)票也得在分公司記賬。申報(bào)增值稅時(shí)，仍歸到總公司申報(bào)增值稅吧、分公司申報(bào)增值稅時(shí)，把這部分總公司抬頭的發(fā)票金額剔除掉？

你好如果之前通過(guò)分公司賬戶支付了報(bào)銷(xiāo)，但是報(bào)銷(xiāo)抬頭寫(xiě)的是總公司。那這些發(fā)票就不能用，需要另外開(kāi)戶分公司的發(fā)票，如果無(wú)法重新開(kāi)具。那只能掛起他應(yīng)收款，讓總公司把錢(qián)打回給分公司，分公司不走費(fèi)用科目，總公司走費(fèi)用科目，如管理費(fèi)用，貸，其他應(yīng)付款，。支付給分公司報(bào)銷(xiāo)款時(shí)，借 其他應(yīng)付款 ，貸方，銀行存款。

明白，為了申報(bào)增值稅及進(jìn)項(xiàng)稅抵扣，費(fèi)用報(bào)銷(xiāo)還是最好從總公司直接支付，另外已經(jīng)記入分公司的這部分，總分公司長(zhǎng)期掛往來(lái)賬清不掉沒(méi)關(guān)系吧？

是的 最好直接從總公司支付，不要那個(gè)往來(lái)款會(huì)越來(lái)越大，。清不掉沒(méi)有關(guān)系

長(zhǎng)期清不掉只要能解釋清楚是什么原因、什么業(yè)務(wù)就可以吧？