控制測試與實質(zhì)性測試的區(qū)別體現(xiàn)在以下幾個方面：（1）控制測試的內(nèi)容為內(nèi)部控制，是定性評價；實質(zhì)性程序的內(nèi)容為賬戶金額，是定量評價。（2）控制測試的目的為評價內(nèi)部控制有效性；實質(zhì)性程序的目的是評價賬戶金額正確性，為發(fā)表審計意見提供依據(jù)?？刂茰y試與實質(zhì)性程序的聯(lián)系體現(xiàn)在：控制測試為實質(zhì)性程序打基礎(chǔ)，控制測試的結(jié)果為確定實質(zhì)性程序的性質(zhì)、時間和范圍提供依據(jù)；實質(zhì)性程序是在控制測試的基礎(chǔ)上進行的，實質(zhì)性程序的程度取決于控制測試的結(jié)果。不能完全省略實質(zhì)性測試程序的主要原因為：（1）內(nèi)部控制是被審計單位為達到其經(jīng)營管理目標(biāo)而設(shè)立和實施的，最嚴(yán)格的內(nèi)部控制也有其本身的固有限制；一是控制成本的限制，即被審計單位往往因考慮成本而犧牲內(nèi)部控制可能帶來的效益；二是人為因素的限制，包括有關(guān)人員不理解或錯誤理解內(nèi)部控制，相關(guān)人員串通舞弊而回避或破壞內(nèi)部控制等。這些固有限制可能導(dǎo)致會計報表的重要反映失實。（2）內(nèi)部控制是否真正有效，需要通過執(zhí)行控制測試程序予以驗證，但控制測試只能證實內(nèi)部控制是否有效和得到了一貫遵守，而不能對會計報表反映的合法性、公允性進行證實。