以下分別來分析： 關于是否有滯納金問題： 如果在5月應該預繳但未預繳，6月報稅期在機構所在地（當地稅務局）繳納了本該異地預繳的稅款，如果嚴格按照稅法規(guī)定和征管流程： 1. 通常是存在未按規(guī)定預繳的問題，稅務機關有可能會認定從應該預繳稅款期限屆滿次日起至實際繳納稅款之日止計算滯納金。 2. 但如果當地稅務機關在執(zhí)行過程中考慮到特殊情況（比如企業(yè)能說明合理原因、首次發(fā)生、稅務機關自身對政策宣傳輔導不到位等因素），且稅務機關有一定的裁量空間，也有可能不征收滯納金。 關于合同和稅率以及外經證問題： 1. 合同與稅率不一致，如果業(yè)務實質符合簡易計稅（比如是清包工、甲供材等符合簡易計稅的情形等），那么重新做3%稅率合同后，在合同層面和稅務處理層面基本匹配，從業(yè)務和稅務合規(guī)角度問題不大。如果業(yè)務實質不符合簡易計稅而開了3%，則存在稅務風險。 2. 如果后續(xù)業(yè)務還是在異地且之前的外經證已經使用（用于開具了3%發(fā)票等），那么通常是需要重新申請外經證的。 3. 至于能不能開9%稅率發(fā)票，如果業(yè)務實際情況符合一般計稅方式（非簡易計稅項目），在重新申請外經證后，按正常程序和稅務規(guī)定，是可以開具9%稅率發(fā)票的，但如果業(yè)務本身屬于簡易計稅范圍，那就不能開具9%稅率發(fā)票而只能開3%（或現在特殊時期的優(yōu)惠稅率等） 。如果之前錯誤地按3%開具發(fā)票且開具有誤發(fā)票已跨月等情況，建議考慮按規(guī)定沖紅后重新開具（符合條件下）。